El Comandante Benjamin Sisko asume el mando de la estación Abismo Espacial 9 en carácter de observador y administrador de la Federación, llega acompañado de su hijo Jake. Los Cardassianos, enemigos de la Federación, utilizaban la estación para explotar los recursos mineros del planeta Bajor durante la ocupación del mismo. En el año 2369 la Federación y Cardassia firman un acuerdo y los cardassianos abandonan la ocupación de Bajor. Para verificar que se respetaran los términos del acuerdo, la Federación envió su personal para administrar la estación. Acompañan al Comandante Sisko, la Mayor Kira Neris (Bajoran, oficial de enlace con el Gobierno Bajoran), el Dr. Julian Bashir, el Jefe Miles O'Brien en Ingeniería, la Oficial científico Jadzia Dax (Trill), el Jefe de seguridad Odo (un metamorfo) y administrando el Bar de la estación un Ferengi: Quark.

El Comandante es caracterizado como un militar estratega de carrera, que enfrentará la guerra con el dominio y cardassianos como líder militar de la Federación, y soportará además el conflicto de ser considerado el Emisario de los Profetas Bajoran.

Es la primer serie en la que los protagonistas no viajan por el espacio, los episodios se basan en los conflictos internos de los personajes, en complicadas intrigas diplomáticas y complots políticos. A las razas conocidas se les agregan otras del Cuadrante Gamma: los Fundadores, los Vorta y los Jem'Haddar.